标题 DNA methylation clocks for estimating biological age in Chinese cohorts 期刊和影响因子 Protein & Cell (IF: 21.1 , JCR Q1, 中科院大类 Q1 小类 Q2) 简介 文章主要介绍了在中国...

「文献题目」 Recent advances and challenges of rare variant association analysis in the biobank sequencing era 「中文标题」 生物样本库测序时代罕见变异关联分析的最新进展和挑战 「期...

如果只有SNP的染色体和物理位置信息，该如何批量转换得到 rs ID？ 思路非常简单，只需要下载 dbSNP 的参考文件，根据位置信息从参考文件中获取对应的 rs 编号即可。 下面列举两个例子。 重命名 ...

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html，下载解压就可以使...

EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 和 XP-EHH（Cross Population Extended Haplotype Homozogysity）是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...

做生信分析的人越来越多，但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西，但它的成本优势更多体现在大数据处理上，每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时，云计算才会比自建维护...

介绍 全基因组关联分析（GWAS）是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下，GWAS 发现的最显著的 SNP（top SNP 或者 index SNP）并不是真正造成影响的causal SNP（因果SNP），而...

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果，可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多，不过有时可能满足不了需要。这里，推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb（h...

21世纪是生物的世纪，生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候，这些工具的计算时间并不会太长，可以让人接受。但在数据规模庞...

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中...

检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the cross-population composite likelih...