生物信息学家、计算机科学家和遗传学家,谁主导开发的生物信息学工具更好?
新西兰奥塔哥大学高级讲师(Senior Lecturer ) Paul P. Gardner 在 bioRxiv 上发表了一篇名为《A Bioinformatician, Computer Scientist, and Geneticist lead bioinformatic tool development...
Genome Biology|常用计算工具会产生相互矛盾和过于乐观的AUPRC值
在生物医学和生物信息学领域,PRC 和 AUPRC 有着非常广泛的应用。然而,常用的计算工具本身存在的问题可能会被研究人员忽略,从而可能导致对结果解读的偏差。2024 年 5 月,香港中文大学曹沁研...
文献速递|估算中国人群生理年龄的DNA甲基化时钟
标题 DNA methylation clocks for estimating biological age in Chinese cohorts 期刊和影响因子 Protein & Cell (IF: 21.1 , JCR Q1, 中科院大类 Q1 小类 Q2) 简介 文章主要介绍了在中国...
[文章分享] Biobank测序时代的罕见变异关联分析进展综述
「文献题目」 Recent advances and challenges of rare variant association analysis in the biobank sequencing era 「中文标题」 生物样本库测序时代罕见变异关联分析的最新进展和挑战 「期...
依据SNP染色体和位置信息批量转换rs编号
如果只有SNP的染色体和物理位置信息,该如何批量转换得到 rs ID? 思路非常简单,只需要下载 dbSNP 的参考文件,根据位置信息从参考文件中获取对应的 rs 编号即可。 下面列举两个例子。 重命名 ...
使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html,下载解压就可以使...
使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号
EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...
预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南
做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比自建维护...
FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)
介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而...
CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库
现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(h...
GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析
21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞...
使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号
上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中...