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依据SNP染色体和位置信息批量转换rs编号-实验盒

依据SNP染色体和位置信息批量转换rs编号

如果只有SNP的染色体和物理位置信息,该如何批量转换得到 rs ID? 思路非常简单,只需要下载 dbSNP 的参考文件,根据位置信息从参考文件中获取对应的 rs 编号即可。 下面列举两个例子。 重命名 ...
如何在HPC集群使用Jupyter Lab-实验盒

如何在HPC集群使用Jupyter Lab

在PBS任务递交系统的 HPC 集群上,我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务,把计算任务投递到计算节点中运算。如果你想在集群上使用 Jupyter Lab 或者 Jupyter Notebook,该怎么办? 思路其...
R画图y轴范围太大时,如何局部压缩坐标轴?-实验盒

R画图y轴范围太大时,如何局部压缩坐标轴?

此文写在 2021 年,R 以及 R 包版本更新可能会导致失效,现在建议用 ggbreak 这个包实现 (https://cran.r-project.org/web/packages/ggbreak/vignettes/ggbreak.html) 用 R 画图的时候,如果 ...
3月21日 19:21
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R读取大文件速度太慢?来试试能提速两千倍的fread-实验盒

R读取大文件速度太慢?来试试能提速两千倍的fread

R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据,需要等很长时间。 在需要读取大文件时,尤其读取列数特别多的文件,不妨试试 data.table 包(https://cran.r-pr...
1月28日 19:21
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基于RAINBOW的单倍型全基因组关联分析(haplotype-based GWAS)教程-实验盒

基于RAINBOW的单倍型全基因组关联分析(haplotype-based GWAS)教程

听起来难以置信,单倍型关联分析竟然这么简单 Haplotype-based GWAS(单倍型全基因组关联分析)是基于 haplotype (单倍型)进行的关联分析,在基因组层面寻找与表型相关的变异。 Haplotype 是...
HostHatch 10T大盘机系统手动安装教程附简单测速-实验盒

HostHatch 10T大盘机系统手动安装教程附简单测速

早上收到邮件,HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是,系统还得手动安装: This server comes installed without an OS due to the disk size. You will have to mount an ISO, chang...
12月8日 10:12
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PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?-实验盒

PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?

该选择多少个主成分 群体结构(population structure),或者说群体分层(population stratification),是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因频率的系统差异。这种系统差异...
史前化石揭示狗的起源和群体历史-实验盒

史前化石揭示狗的起源和群体历史

狗是第一个被驯化的动物,可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过,狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究,但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖,有些问题依旧未能解...
Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源-实验盒

Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源

在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包,速度估计会抓狂,说不定还总是失败。 解决方法很简单,只需要把官方镜像替换为国内的镜像。网上搜的教程一般是清华或者中科大...
10月29日 18:59
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减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板-实验盒

减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板

在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。 Portainer 链接:https://www.portainer.io Portainer 是一个轻量化的 Docker...
10月28日 19:45
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Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?-实验盒

Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?

计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办? 具体看看着报错信息: OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 4096 current, 8251551 max O...
9月2日 21:47
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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分-实验盒

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html,下载解压就可以使...