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HostHatch 10T大盘机系统手动安装教程附简单测速-实验盒

HostHatch 10T大盘机系统手动安装教程附简单测速

早上收到邮件,HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是,系统还得手动安装: This server comes installed without an OS due to the disk size. You will have to mount an ISO, chang...
12月8日 10:12
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PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?-实验盒

PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?

该选择多少个主成分 群体结构(population structure),或者说群体分层(population stratification),是由于个体之间非随机交配而导致的群体中亚群之间等位基因频率的系统差异。这种系统差异...
史前化石揭示狗的起源和群体历史-实验盒

史前化石揭示狗的起源和群体历史

狗是第一个被驯化的动物,可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过,狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究,但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖,有些问题依旧未能解...
Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源-实验盒

Anaconda安装升级软件包总是失败,试试用国内镜像源

在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包,速度估计会抓狂,说不定还总是失败。 解决方法很简单,只需要把官方镜像替换为国内的镜像。网上搜的教程一般是清华或者中科大...
10月29日 18:59
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减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板-实验盒

减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板

在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。 Portainer 链接:https://www.portainer.io Portainer 是一个轻量化的 Docker...
10月28日 19:45
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Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?-实验盒

Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?

计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办? 具体看看着报错信息: OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 4096 current, 8251551 max O...
9月2日 21:47
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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分-实验盒

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html,下载解压就可以使...
使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号-实验盒

使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...
预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南-实验盒

预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时,云计算才会比自建维护...
FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)-实验盒

FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而...
CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库-实验盒

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(h...
嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术-实验盒

嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术

什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言,既可以写后端,也可以做数据分析,既可以智能化运维,也可以搞渗透,既可以写爬虫,又可以做机器学习深度学习。然而,Python 的缺点也很明显,它的速度...