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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库-实验盒

CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(h...
嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术-实验盒

嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术

什么是 JIT Python 是门多才多艺的语言,既可以写后端,也可以做数据分析,既可以智能化运维,也可以搞渗透,既可以写爬虫,又可以做机器学习深度学习。然而,Python 的缺点也很明显,它的速度...
GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析-实验盒

GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析

21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞...
一键查看后端程序语言,分析网站技术栈-实验盒

一键查看后端程序语言,分析网站技术栈

当看到一个网站,想要了解它用了什么技术开发,可以通过开发者工具去看,但这样的效率很低。下面推荐两个方便的工具: W3tech https://w3techs.com BuidWith https://builtwith.com/ 这两个网站...
6月10日 13:06
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日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座-实验盒

日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座

文献信息 标题: Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases 中文标题: 日本人群的大规模全基因...
使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号-实验盒

使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中...
使用XP-CLR检测基因组中的选择信号-实验盒

使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelih...
年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡垃圾搭建自己的科学计算平台-实验盒

年轻人的第一台服务器:最低不到五千,捡垃圾搭建自己的科学计算平台

开篇三问 Q:有什么需求? A:跑耗资源的科学运算。 Q:为什么捡垃圾? A:因为穷。 Q:怎么捡垃圾? A:全能的淘宝。 三个开篇问题,算是写这篇剁手文章的借口理由。普通 PC 很难支撑得起耗费...
6月1日 09:36
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炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(深度学习篇)-实验盒

炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(深度学习篇)

选定学习路线 上回介绍了机器学习的入门指南,这一次轮到更为火爆的深度学习。深度学习有非常多免费的优质课程,不用花钱就能在家享受名师教学的体验。这一次,也主要是介绍免费的资料。 深度学...
炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(机器学习篇)-实验盒

炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(机器学习篇)

避免成为资料收藏家 机器学习越来越火爆,各种资料也越来越多。在网上随意一搜,就能看到一大串长长的书单和一大堆视频教程。堆积如山的资料,很容易让新手一脸懵逼,无所适从,最后没当成炼丹...
6月1日 09:27
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Linux无root权限通过Anaconda虚拟环境安装R并在Jupyter Lab运行-实验盒

Linux无root权限通过Anaconda虚拟环境安装R并在Jupyter Lab运行

一般情况下,R 的安装非常容易。但如果是在linux服务器上,而又没有root权限,安装就比较麻烦了。最直接的方法是自己在有读写权限的目录中编译安装,但过程非常繁琐,需要解决非常多依赖库,整...
5月31日 21:45
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face3d: 3D人脸处理Python开源工具-实验盒

face3d: 3D人脸处理Python开源工具

简介 3D 人脸是非常有趣的研究领域。face3D (https://github.com/YadiraF/face3d) 是一个基于 Python 的开源项目,实现了 3D 人脸研究的众多功能。它可以处理网格数据,用形变模型生成 3D 人脸...
5月31日 20:35
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