日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座

文献信息

标题： Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases

中文标题： 日本人群的大规模全基因组关联分析发现跨不同疾病的新型易感基因座

期刊： Nature Genetics (IF: 25.455)

链接： https://www.nature.com/articles/s41588-020-0640-3

简介

当前遗传学研究的绝大多数参与者都是欧洲人群。BioBank Japan Project (BBJ) 是非欧洲人群最大的一个 biobank 项目，这篇文章是 BBJ 最新的研究成果。

样本量

212453 个来自 BBJ 的日本病人，包含42种常见疾病；32793 个来自前瞻性队列研究的样本作为对照。

来自独立的多个队列的 2855 cases 和 15211 controls 作为重复验证。在肺癌的重复验证，还额外包括 2440 female cases 和 467 female controls。

方法

使用 SNP 芯片进行 genotyping，其中 QC 过程利用了 939 个样本的 WGS数据进行 SNP 的一致性检验。

Phaseing 使用 SHAPEIT2，imputation 以 1000G Phase3 作为 reference panel 用 minimac3 进行。

GWAS 使用 SAIGE的 GLMM，并通过 permutation test 估计 empirical significance threshold。

遗传度、遗传相关性的计算使用了 LDSC 的方法。

Partition heritability 使用 S-LDSC，估算每个转录因的结合位点的遗传力富集度。

结果和结论

文章在276个基因座中检测到320个独立信号，涉及27种疾病，其中25个是新基因座。3个 loci 存在东亚特有的错义突变，其中两个在独立的日本队列中被重复出来，包括与冠状动脉疾病相关的 ATG16L2 和与肺癌有关的 POT1。另外，通过 TF enrichment analysis，文章找到了9 种疾病的 378 个显着富集，例如前列腺癌的 NKX3-1。

日本人群中的这种大型 GWAS 提供了对复杂疾病的病因学新的认知，同时表明在非欧洲人群中开展大规模 GWAS 的重要性。

数据

GWAS summary statistics: http://jenger.riken.jp/en/; https://humandbs.biosciencedbc.jp/en/hum0014-v19

GWAS genotype data for case samples: https://humandbs.biosciencedbc.jp/en/hum0014-v19