Science|持续数十年的实验,通过细菌研究突变在演化过程的适应性效应
突变对生物体适应度(fitness,生存和繁殖的能力)的影响,可能会受到后续突变的影响,这可能会限制未来的适应性进化路径。这些变化如何发生、会产生怎样的影响,尚缺乏具体的数据。近日,《Sci...
[文章分享] Biobank测序时代的罕见变异关联分析进展综述
「文献题目」 Recent advances and challenges of rare variant association analysis in the biobank sequencing era 「中文标题」 生物样本库测序时代罕见变异关联分析的最新进展和挑战 「期...
依据SNP染色体和位置信息批量转换rs编号
如果只有SNP的染色体和物理位置信息,该如何批量转换得到 rs ID? 思路非常简单,只需要下载 dbSNP 的参考文件,根据位置信息从参考文件中获取对应的 rs 编号即可。 下面列举两个例子。 重命名 ...
基于RAINBOW的单倍型全基因组关联分析(haplotype-based GWAS)教程
听起来难以置信,单倍型关联分析竟然这么简单 Haplotype-based GWAS(单倍型全基因组关联分析)是基于 haplotype (单倍型)进行的关联分析,在基因组层面寻找与表型相关的变异。 Haplotype 是...
GWAS_Flow:使用GPU加速大规模数据的全基因组关联分析
21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让人接受。但在数据规模庞...